11. oktober 1999 avsatte general Pervez Musharraf statsminister Nawaz Sharif i et ublodig kupp. Kuppet fikk raskt stor folkelig oppslutning og aksept.

Musharraf hevdet at Sharif hadde nektet å gi flyet han befant seg i landingstillatelse, for å bli kvitt den brysomme hærsjefen som han hadde utnevnt året i forveien. Da han overtok som «Chief Executive» 14. oktober 1999, sverget han på militærets heder at han skulle rydde opp i Pakistans økonomiske kaos og omfattende korrupsjon. Han skulle rydde opp i de sikkerhetsproblemene som herjet Punjab-provinsen og Karachi og Sindh-provinsen, og få bukt med de militante islamistene.

Pakistan var på den tida internasjonalt isolert som følge av Washingtons reaksjoner på atomprøvesprengningene. Konflikten med India over Kashmir var fastlåst, og utviklingen i Afghanistan var i ferd med å true Pakistans fastlagte strategi overfor Sentral-Asia.

1990-tallet var et politisk kaos hvor Pakistan People's Party (PPP), arvegodset til statsminister Benazir Bhutto, og Pakistan Moslem League (PML) til Sharif var involvert i en glefsende hundekamp. De som fikk blø, var det pakistanske folket.

Musharraf, født i Delhi i 1943, en mohajir, muslim som flyktet fra India til Pakistan etter delingen i 1947, framsto som en modernist i forhold til sin militære forgjenger på 1970- og 80-tallet, general Muhammed Zia ul-Haq. Han hyret inn tidligere Verdensbank-økonomer og partiløse teknokrater i like stor grad som de tradisjonelle uniformene.

I juni 2001 lot han seg velge til president, framfor å tre tilbake fra den politiske arenaen, tross iherdige protester hjemme og et visst press ute. Drøye to måneder seinere braste det fly inn i World Trade Center og Pentagon, og Musharraf gjenopprettet Islamabads tidligere sterke militære bånd til Washington ved å berede grunnen for USA i «krigen mot terrorisme».

Taliban, skapt med betydelig fødselshjelp av Bhuttos innenriksminister Nasrullah Babar og militæretterretningen Inter-Services Intelligence (ISI), en militærstat i staten, var blitt et Frankensteins monster som sperret veien for Islamabads interesser i Sentralasia. Samtidig hadde Musharraf behov for å stogge egne militante islamister ved å bringe ISI inn under kontroll.

Den hårfine alliansen med USA, som hele tida er blitt utfordret av Washingtons krav til ISI å ta fatt i militante islamister med forbindelser til terror, og politikken med binde opp islamske partier i regjering og allianser, blant annet med Awami National Party i North West Frontier Province, er vektskålene for Musharraf som har blitt utsatt for flere attentat.

Opposisjonen hyler mot Musharraf, og demokratiforkjemperne har mange anmerkninger. Problemet for opposisjonen er at Musharraf i løpet av drøye seks år har mer å vise til i mange pakistaneres øyne enn hva de tiltror PPP og PML. Jordskjelvet har rystet folk sammen. Musharraf refser verden for å neglisjere katastrofens omfang, og militæret framstår for mange som den eneste organiserte kraften, «en venn i nøden», undertegnet Pervez Musharraf, general.